В 1045 году на территории Армении, кроме Анийского царства, продолжали существовать ещё 3 армянских маленьких царства а также несколько мелких княжеств. Так, по сообщению историка XI века Аристакеса Ластиверци к середине столетия «Помимо княжества [Давита] Куропалата и территорий, подвластных ромеям, в Армении были четыре царских престола».
После 1064 года и вторжения сельджукских войск под предводительством Алп-Арслана, в Армении остались лишь немногочисленные области которые не подверглись завоеваниям и где продолжало существовать армянское национально-государственное устройство. Это были Сюник, Ташир, Хачен (в Нагорном Карабахе) и Сасун.
Первым после Анийского царства прекратило свое существование Карсское царство. В 1065 году, сразу после похода сельджукского султана Алп-Арслана, последний его правитель Гагик Карсский из династии Багратидов уступил свое государство Византии.
После Карса младшая ветвь армянских Багратидов продолжала существовать на севере Армении, в царстве Ташир-Дзорагета, в лице рода Кюрикидов. При Давиде I Безземельном царство достигло своего наибольшего развития. Ему удалось успешно отразить атаки Гянджинских Шеддадидов и даже присоединить ряд армянских областей находящихся под их владением. Поход Алп-Арслана 1064 года отразился также на исторической судьбе этого царства. Кюрике II вынужденно признал сюзеренитет Алп-Арслана. Тогда же под давлением царя Грузии Баграта IV последний уступил значительные земли на севере, перенеся столицу из Самшвилде в город-крепость Лоре. В 1118 году при наследниках Кюрике II Давиде и Абасе Ташир-Дзорагетское царство было присоединено к Грузии царем этой страны Давидом Строителем. Давид и Абас продолжали править на незначительных областях вокруг крепостей Тавуш и Мацнаберд.
Сюникское царство на востоке Армении последним отпало от централизованного государства Анийских Багратидов (с сохранением вассальной зависимости до его аннексии) и продержалось дольше всех остальных армянских государств. Царство достигает наивысшего расцвета в начале XI столетия. Во время похода Алп-Арслана оно сохранило свою самостоятельность, но уже правление Сенекерима было утверждено султаном Мелик-шахом. Сенекерим именовал себя «царем Армении сидящим в Сюнике». XII столетие характеризуется борьбой этого цартва с сельджукскими завоевателями. В 1170 году Сюник был захвачен Ильдегизидами.
Переломным историческим моментом для Сюника стало освобождение Восточной Армении армяно-грузинскими войсками под командованием рода Закарянов. В 1210-х годах, после около сорокалетнего перерыва, здесь вновь было восстановлено армянское правление. Область была дарована роду Орбелян, которые сумели обеспечить для этой части Армении значительное экономическое и культурное развитие. Орбеляны и их вассалы из рода Хахбакян продолжали править до 1435 года. После, как и в Нагорном Карабахе, на этой территории были образованы ряд армянских меликств.
На территории Нагорного Карабаха продолжало существовать небольшое армянское княжество Хачен. С начала XIII века здесь сюеренами являлись Гасан-Джалаляны, потомки древнего рода Арраншахов.Мхитар Гош, пишет на рубеже XII—XIII веков:
Хаченское княжество на территории древнеармянской провинции Арцах, продолжало свое существование до самого конца XVI века, когда на его месте постепенно были образованы армянские меликства, впоследствии известные как меликства Хамсыи, в свою очередь, существовавшие до середины XVIII века.
