Израиль и Армения установили дипломатические отношения с того момента, как последняя провозгласила независимость от Советского Союза в 1991 году. С 1993 по 2007 годы посол Армении в Израиле работал из Грузии, несмотря на то, что Цолак Момджян был назначен почётным консулом Армении в Иерусалиме в 1996 году. Посольство затем было перенесено в Иерусалим.
За последние годы прошли несколько официальных визитов армянского руководства в Израиль на высшем уровне. В январе 2000 года армянский президент Роберт Кочарян прибыл в Израиль и встретился с высокопоставленными израильскими официальными лицами, включая бывшего израильского премьер-министр Эхуда Барака. Обе стороны договорились укреплять отношения и подписали соглашение о здравоохранении и двусторонних инвестициях. В 2003 году Католикос всех армян Гарегин II посетил Йону Мецгера, в то время главного ашкеназского раввина Израиля; в свою очередь Мецгер принял приглашение Гарегина II посетить Армению с ответным визитом, визит прошёл в 2005 году, включая посещение Цицернакаберд (Мемориал Геноцида армян в Ереване).[6] Этим поступком он формально признал Геноцид армян как исторический факт.
В 2014 году израильский посол в Армении (с резиденцией в Иерусалиме) Шмуэль Мейром заявил, что Израиль хочет вскоре ввести безвизовый режим с Арменией, что коснётся обладателей дипломатических паспортов.
В сентябре 2017 года Армению посетила израильская группа израильско-армянской парламентской дружбы под руководством вице-спикера кнессета Тали Плосковой (Кулану). Группа встретилась с главой армянского МИД Эдвардом Налбандяном и обсудила вопросы двусторонних отношений, развития деловых связей, заключения двусторонних соглашений. Кроме того, обсуждался вопрос об установлении безвизового режима для держателей общегражданских паспортов обеих стран (в настоящее время можно оформить визу по прибытии или электронную визу онлайн). Обсуждались и вопросы признания Израилем Геноцида армян (1915).
В сентябре 2019 года стало известно о намерении Армении открыть своё посольство в Иерусалиме. Приказ о назначении посланника в Израиль армянский президент Саркисян подписал 25 февраля 2020 года, ратифицируя таким образом решение правительства от сентября 2019 года. Посольство Армении будет тем не менее открыто в Тель-Авиве. До этого момента страна была представлена в Израиле послом-нерезидентом, работающим из Еревана.
