По мнению американского историка Роберта Хьюсена, автохтонным населением современного региона Нагорный Карабах (Арцах) были различные племена преимущественно неиндоевропейского происхождения. В отношении датировки арменизации региона высказываются различные мнения, но большинство исследователей сходится в том, что этот процесс завершился до первого раздела Армении в 387 году.
С начала II века до н. э. до раздела Армении территория современного Нагорного Карабаха (Орхистена у античных авторов) входила в состав Великой Армении. В «Армянской географии» Анании Ширакаци (VII в.) Арцах числится её 10-й провинцией (нахангом).
В 387 году Куро-Аракское междуречье (области Арцах и Утик) отошло к вассальной от Персии Кавказской Албании, оставаясь при этом под управлением армянских княжеских родов и сохранив сильное армянское влияние. Полиэтническое Албанское царство было уничтожено арабами в 705 году.
В 822 году в Арцахе было провозглашено независимое армянское княжество Хачен. В 884 году правители Хачена признали власть Ашота I Багратуни, который объявил о независимости Армении и провозгласил себя царём Армении.
После утраты централизованной армянской государственности в 1045 году Хаченское княжество на протяжении многих веков оставалось одной из тех областей, где сохранялось армянское правление. В XV веке Хачен входил в состав туркоманских государств Кара-Коюнлу и Ак-Коюнлу, в начале XVI века он вошёл в состав государства Сефевидов. В XVI—XVII веках Хаченское княжество распалось на пять небольших владений — меликств. Просуществовавшие до середины XVIII века меликства Хамсы стали последним очагом армянского национально-государственного устройства.
В позднем Средневековье источники начинают упоминать о тюркских кочевниках, появившихся на равнине между Араксом и Курой, смешавшихся там с оседлым армянским и мусульманским населением и давших ей название «Карабах». Кочевники (тюркские, затем и курдские) зимовали на равнинах, а летом откочёвывали на пастбища нагорий; такой порядок сохранялся вплоть до XX века. Курдские племена были переселены персидскими властями в район, расположенный между Нагорным Карабахом и Зангезуром, примерно в 1600 году с целью ослабить связи армянских правителей Нагорного Карабаха с основными армянскими территориями.
В середине XVIII века армянские меликства, утратив самостоятельность, вошли в состав Карабахского ханства. С образованием ханства усилилась миграция тюркских племен в Карабах и, наоборот, эмиграция из него армян. В самом центре бывшего армянского меликства Варанда появился крупный тюркский анклав — Шуша.
В 1813 году по завершении русско-персидской войны 1804—1813 годов был подписан мирный российско-иранский договор, которым был признан переход Карабахского ханства под власть России. В 1822 году Карабахское ханство было упразднено и преобразовано в Карабахскую провинцию Российской империи. В 1840 году Карабахская провинция была переименована в Шушинский уезд Каспийской области. С 1846 года Шушинский уезд входил в состав Шемахинской губернии (в 1859 году переименованной в Бакинскую), а с 1867 года — в Елизаветпольскую губернию.
После присоединения Карабахского ханства к России многие местные мусульмане эмигрировали в Персию. В этот период имел место и встречный миграционный поток, однако переселенцы-армяне из Персии расселялись в основном на территории бывших Нахичеванского и Эриванского ханств. В 1828 году в Карабах было переселено 700 армянских семей, при этом 300 семей вернулось обратно, а значительная часть оставшихся погибла от эпидемии чумы. В Нагорном Карабахе (нынешний Мардакертский район) переселенцы из иранского города Мараги основали село того же названия. В дальнейшем сколько-нибудь значительных переселений в Карабах не наблюдалось.
В течение XIX века Шуша превратилась в пятый по величине город Закавказья. Население города увеличивалось прежде всего за счёт армян, которые к середине века стали составлять в нём большинство. В этот период в Шуше процветали производство и торговля коврами и шёлком, а к концу XIX века Шуша стала одним из ведущих центров азербайджанской[1] и закавказской армянской[2] культур.
Начало XX века ознаменовалось массовыми этническими конфликтами. Во время армяно-татарской резни в августе 1905 года в Шуше произошли кровавые столкновения, в ходе которых было сожжено 240 домов, театр Хандамирова и убито 318 человек. Столкновениями в то время были охвачены все местности Карабаха и Зангезура со смешанным населением.
После Октябрьской революции 1917 г. Карабах, как и остальное Закавказье, первое время подчинялся коалиционному Закавказскому комиссариату и созванному им Закавказскому сейму. 22 апреля 1918 г. Закавказский сейм провозгласил Закавказье независимой Закавказской Демократической Федеративной Республикой, которая уже в конце мая распалась на отдельные государства — армянское, азербайджанское и грузинское.
В течение первой половины 1918 года армяне и мусульмане Нагорного Карабаха жили в относительном мире. Признавая номинальную власть Закавказского комиссариата и сейма в Тифлисе, Нагорный Карабах был фактически независим и управлялся межнациональным советом. Такой баланс сохранялся вплоть до вторжения Турции в Закавказье, распада Закавказской федерации и создания трёх самостоятельных государств.
28 мая 1918 года члены мусульманской фракции Закавказского сейма провозгласили независимость Азербайджана. Азербайджанская демократическая республика претендовала на территорию бывших Бакинской и Елизаветпольской губерний Российской империи, включая районы со смешанным населением — Карабах и Зангезур. В конце 1918 года, после капитуляции Турции в Первой мировой войне, в Шушу прибыла британская военная миссия, а в начале 1919 года азербайджанские гарнизоны появились в Шуше и ряде других населённых пунктов Карабаха. 15 января 1919 года английское командование утвердило генерал-губернатором Карабаха и Зангезура назначенного азербайджанским правительством Хосров-бека Султанова. В августе Седьмой съезд армян Карабаха в связи с предстоящей эвакуацией британских войск был вынужден объявить, что Нагорный Карабах считает себя «временно в пределах Азербайджанской Республики» (до окончательного решения вопроса на Парижской мирной конференции).
В январе-мае 1920 года Нагорный Карабах стал ареной ожесточённых боевых действий в ходе Армяно-азербайджанской войны. В мае, после установления в Азербайджане Советской власти, части 11-й Армии РККА во взаимодействии с азербайджанскими войсками заняли территорию Карабаха и Нахичевани и к концу июня подавили сопротивление армянских вооружённых отрядов.
5 июля 1921 года на пленуме Кавказского бюро РКП(б) было принято решение оставить Нагорный Карабах в пределах Азербайджанской ССР, предоставив ему широкую областную автономию. Административным центром региона был установлен город Шуша. В 1923 году из населённой армянами части Нагорного Карабаха в составе Азербайджанской ССР была образована Автономная область Нагорного Карабаха (АОНК). В 1937 году АОНК была преобразована в Нагорно-Карабахскую автономную область (НКАО).
В советский период руководством Армянской ССР неоднократно поднимался вопрос о передаче Нагорного Карабаха в её состав. Новую остроту межобщинный конфликт приобрёл в годы перестройки (1987—1988), на фоне резкого подъёма национальных движений в Армении и Азербайджане. К ноябрю — декабрю 1988 года в этот конфликт оказалось вовлечено большинство жителей обеих республик, и он фактически перерос рамки локальной проблемы Нагорного Карабаха, превратившись в открытую межнациональную конфронтацию.
В 1991—1994 годах эта конфронтация привела к масштабным военным действиям за контроль над Нагорным Карабахом и некоторыми прилегающими территориями. 5 мая 1994 года был подписан Бишкекский протокол о перемирии и прекращении огня между Арменией и самопровозглашённой Нагорно-Карабахской Республикой (НКР) с одной стороны и Азербайджаном — с другой.
Результатом вооружённого конфликта стали его «замораживание» и фактическая независимость НКР от Азербайджана. Под контроль НКР перешли 92,5 % территории бывшей Нагорно-Карабахской автономной области и так называемая «зона безопасности»
